Klasztor franciszkanów w Nieszawie został założony między 1463 a 1467 r., przy czym pierwotne zabudowania były prawdopodobnie drewniane. Rozpoczęcie budowy obecnego kościoła murowanego nastąpiło w 1611 r. z fundacji rajcy nieszawskiego Wawrzyńca Śmiałka i jego żony Agnieszki. Klasztor wzniesiono w 1635 r., w 1666 przedłużono. W 1690 r. przy kościele wybudowano staraniem Adama Trzebuchowskiego kaplicę św. Antoniego. W 1729 r. zabudowania zostały dotknięte pierwszym z pożarów, drugi nastąpił w 1841. Wskutek odbudów i przekształceń budynki zostały w znacznej mierze pozbawione cech stylowych. W 1864 r., wskutek represji po powstaniu styczniowym, zakonnicy zostali zmuszeni do opuszczenia klasztoru, do którego powrócili w 1919 r., ale już 1925 musieli go ponownie opuścić. W czasie II wojny światowej zakonnicy zostali aresztowani przez Niemców, a w kościele urządzono magazyn. W 1945 r. ponownie powrócili do niego franciszkanie, ale ostatecznie w 1973 r. kompleks stał się siedzibą Diecezjalnego Domu Rekolekcyjnego im. Maksymiliana Kolbego. Patron Domu, św. Maksymilian Maria Kolbe, przebywał w klasztorze w 1922 r. w celach zdrowotnych.