"Podczas II wojny światowej cmentarz był częściowo zdewastowany, dochodziło na nim do zbiorowych egzekucji i masowych pochówków zamordowanych osób w getcie warszawskim oraz poległych powstańców getta warszawskiego, partyzantów żydowskich i żydowskich powstańców z powstania warszawskiego. 15 maja 1943 po likwidacji getta warszawskiego hitlerowcy wysadzili w powietrze wszystkie budynki znajdujące się na cmentarzu, w tym dom przedpogrzebowy z synagogą. Ocalała jedynie studzienka.

W 1944 teren cmentarza był polem zaciętych walk powstańców z batalionów Zośka i Parasol."