W 1856 r. I. Zbiegniewska przybywa do Włocławka, gdzie przejmuje likwidowaną prywatną pensję pani Büfle. W krótkim czasie udało się jej znacząco zwiększyć liczbę kształconych dziewcząt oraz powiększyć grono pedagogiczne. Jako przełożona pensji – wbrew zarządzeniom władz rosyjskich – wykładała język polski i historię kładąc nacisk na rozbudzenie wśród uczennic świadomości i tożsamości narodowej. Jej działalność edukacyjna wzbudzała dużą nieufność władz carskich, które szukały pretekstu do zamknięcia szkoły. Ostatecznie Rosjanie zamknęli pensję w 1876 r., a w dziesięć lat później zabronili I. Zbiegniewskiej prowadzenia korepetycji. Jednak pomimo zakazów i odebrania jej prawa do nauczania, w wielkiej tajemnicy przed władzami, nadal uczyła literatury oraz historii Polski.